科尔沁沙地典型植物对增温响应的基因差异表达
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Differential gene expression response to warming of typical plants in the Horqin Sandy Land
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通讯作者:
收稿日期: 2025-05-06 修回日期: 2025-07-08
基金资助: |
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Received: 2025-05-06 Revised: 2025-07-08
作者简介 About authors
史尚彬(2001—),男,湖北恩施人,硕士研究生,研究方向为植物遗传学E-mail:
关键词:
Keywords:
本文引用格式
史尚彬, 黄文达, 于海伦, 冯静, 朱远忠.
Shi Shangbin, Huang Wenda, Yu Hailun, Feng Jing, Zhu Yuanzhong.
0 引言
了解全球变暖背景下植物的温度适应性对保护生态结构和生态安全都至关重要[4],植物在应对环境温度升高时会有由形态特征到生理特性的适应策略。高温加剧土壤水分蒸发导致植物生物量分配向根部转移[5]。植物的光合生理特征也能清楚地反映环境温度变化[6],增温有利于提高寒带或高海拔地区植物的光合作用,但在沙地生态系统中高温伴随着干旱会降低植物光合作用效率,而且温度增幅太大还会对类囊体膜结构造成不可逆的破坏[7]。高温胁迫会激活植物响应非生物胁迫信号途径中的激素调节,例如茉莉酸(JA)能激活温度适应性生理调节[8];脱落酸(ABA)能调控抑制生长、促进脱落、促进休眠、引起气孔关闭等生理过程。植物响应高温的生理调节主要通过提高超氧化物歧化酶等降低氧自由基的破坏[9-10],积累渗透调节物质维持渗透压防止水分散失[11]。植物响应高温胁迫的基因表达受转录因子(TFs)网络调节[12],如MYB、AP2/ERF、NAC和WRKY[13]参与对非生物胁迫的反应,热休克转录因子(HSF)调节热休克蛋白处理热胁迫反应[14]。
近年来,中国北方有明显的升温和干旱化倾向[15]。科尔沁沙地位于中国北方农牧交错区,是脆弱敏感的沙地生态系统[16],也是沙漠化研究和防治的关键区域。近60年(1961—2018年)的气象数据显示,科尔沁沙地年均气温明显升高,10年变化速率为0.33 ℃[17]。温度升高造成的土地沙漠化问题日益严重,威胁着区域生态安全与可持续发展[18]。截至目前,对于科尔沁沙地区域植被的环境适应性已开展了研究,结果不同程度地揭示了增温条件下植物的多层次响应机制,即增温显著增加了沙地优势草本植物的物种丰度、生物量,改变了群落组成[19-20]。研究发现优势灌木达乌里胡枝子(Lespedeza davurica)的生理特征更有利于维持温度较高沙地的植被稳定性[20]。相较于草本和灌木,科尔沁沙地乔木对增温的响应研究较少。增温时乔木更易受蒸腾加剧引起水分不足导致成活率下降[21],有关新疆杨(Populus alba var. pyramidalis)、樟子松(Pinus sylvestris var. mongholica)、沙柳(Salix cheilophila)和沙木蓼(Atraphaxis bracteata)[22]等的试验表明乔木气孔导度要显著高于灌木树种,且沙地乔木的适应性研究仍以水分胁迫为核心[23]。
1 材料与方法
1.1 研究区概况
研究区位于内蒙古奈曼旗(42°14′—43°32′N、120°19′—121°35′E,海拔200~360 m),该地区处于中国农牧交错带东段的科尔沁沙地,作为中国北方主要沙尘源区,是开展沙质草地退化及其生态恢复过程研究的关键区域。气候特征为温带大陆性半干旱气候,年降水量350~500 mm[29],集中在6—8月,年蒸发量1 500~2 500 mm,年均气温4~7 ℃,地形地貌以固定沙丘、半固定沙丘、流动沙丘和丘间甸子地交错分布为主,土壤主要类型为风沙质土壤,其次是草甸土和栗钙土。沙地以不同演替阶段的次生植被为优势物种[30],研究区域天然植被以固沙植物为主,包括糙隐子草(Cleistogenes squarrosa)、狗尾草、猪毛菜(Salsola collina)、雾冰藜(Grubovia dasyphylla)、猪毛蒿、达乌里胡枝子、蒙古虫实(Corispermu mmongolicum)和小叶锦鸡儿等[31]。
1.2 研究方法
本试验所取得的植物材料均来源于中国科学院奈曼沙漠化研究站增温观测场。观测场建于2005年。全年增温样地利用开顶式生长室(OTC)作为增温设施[32],植物生长季设施内平均大气温度上升约2.3 ℃。共计12个试验小区。2017年将沙地代表性乔木(沙地榆和小叶杨)、灌木(小叶锦鸡儿和差不嘎蒿)、草本(狗尾草和猪毛蒿)植物栽植于观测场,于2022年对每个小区的供试物种进行3次重复取样,每次取样为灌木、草本至少5株,乔木至少3株,以生长情况相似的植株叶片作为混合样。取样时间为8月生长盛期。所有新鲜标本均保存在-80 ℃下进行转录组测序。
1.3 数据处理
1.3.1 转录组测序拼接与注释
样品转录组测序由上海美吉公司完成,用FastQC检测原始读数的质量。使用Trinity软件和默认参数进行高质量过滤读取的从头组装,并优化k-mer长度(默认k-mer,即25)、预期覆盖率和最小重叠长度等参数,以获得组装良好的转录组。然后使用CD-HIT V4.6对高质量的读长进行聚类,以消除冗余并获得具有序列同一性的unigenes。
采用FPKM方法分析含有差异表达基因(DEGs)的不同文库,并用edgeR软件包鉴定DEGs17.通过FPKM确定每个unigene的定位reads数,并评估unigene表达水平。采用M值的修剪均值法确定归一化因子,采用负二项分布法计算P值。使用Benjamini-Hochberg方法调整多项测试。使用假发现率(FDR)<0.001和P<0.05测定显著差异表达的单基因。消除了长度<200 bp的Unigenes和FPKM<1,以避免任何可能的组装错误并确保所得组装的质量。在进一步分析中使用了高质量的Unigenes。高质量的读数用于映射回组装的成绩单。确定了显著的DEGs(P≤0.05和lg2F)以供进一步研究。
通过对NCBI的非冗余(NR)蛋白质数据库(E<10-5)进行BLASTx搜索,E值截止值为10-5。使用Blast2GO(
1.3.2 DEGs的GO富集与KEGG富集
使用TBtools-II软件(版本v2.210)[33]进行Gene Ontology Enrichment 和KEGG Enrichment Analyse并进行Enrichment Bar plot 绘制。
1.3.3 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
在R(v 4.4.1)中使用WGCNA(v1.72-5)包来构建共表达网络,对于所有的表达矩阵,第一步过滤掉了90%以上样本中计数小于1的所有项,第二步以中位数绝对偏差(MAD)过滤掉噪音,保持保留小于8 000个基因。最小模块大小设置为30,模块树切割高度设置为0.25。使用Cytoscape(v 3.10.1)来可视化基因网络。
1.3.4 蛋白质基序分析
使用MEME Suite(meme-suite.org/meme/)下载CDS的PEP序列的基序预测结构,同时用PEP序列在MEGA12(版本v12.0.9)采用最大似然法绘制进化树.
2 结果与分析
2.1 转录组测序组装与功能注释
表1 转录组测序结果质量
Table 1
测序与组装 | 沙地榆 | 小叶杨 | 差不嘎蒿 | 小叶锦鸡儿 | 狗尾草 | 猪毛蒿 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|
测序 | 原始读取序列 | 321 136 994 | 324 719 284 | 310 110 492 | 261 751 624 | 358 693 606 | 305 014 366 |
纯净读取序列 | 318 488 970 | 323 126 762 | 308 115 426 | 259 855 420 | 354 927 030 | 303 108 758 | |
组装 | 总拼接序列数 | 136 627 781 | 138 875 218 | 126 720 960 | 108 394 090 | 154 755 008 | 117 345 863 |
Transcript数 | 115 841 | 120 677 | 212 077 | 208 434 | 145 595 | 274 136 | |
Unigene数 | 66 063 | 68 736 | 111 514 | 125 792 | 103 087 | 141 709 | |
GC比例/% | 40.43 | 40.08 | 39.33 | 40.37 | 47.97 | 39.04 | |
N50长度/bp | 1 575 | 1 763 | 1 051 | 1 096 | 1 369 | 1 049 | |
平均长度/bp | 820.29 | 907.92 | 670.02 | 715.59 | 754.94 | 726.26 |
图1
图1
科尔沁沙地代表性植物测序拼接的BUSCO分数
Fig.1
BUSCO scores of sequencing and splicing of representative plants in Horqin Sandy Land
将测序结果在六大数据库进行比对,包括NR非冗余蛋白数据库、Swiss-Prot蛋白质序列数据库、Pfam蛋白质家族注释、COG同源基因组簇注释、GO基因本体论注释和KEGG通路分层注释。结果发现6种植物均达到了较高的注释成功率,其中沙地榆57.88%,小叶杨55.74%,差不嘎蒿59.02%,小叶锦鸡儿54.19%,狗尾草70.17%,猪毛蒿61.92%(图2)。同时发现6种代表性植物unigene上的转录因子(TF)MYB家族最高,AP2/ERF、WRKY、bHLH、C2C2等占比较高。
图2
图2
科尔沁沙地代表性植物基因表达情况的PCA
Fig.2
PCA of gene expression in representative plants in Horqin Sandy Land
2.2 转录因子的共表达网络分析
将所有的转录因子(TF)基因进行加权基因共表达网络分析,筛选出表达受增温影响显著的TF基因。结果发现,所有代表性植物都表现出在受增温影响最显著模块的共表达网络里MYB基因家族最多,这也与MYB占绝对优势的数量和其调控着许多植物胁迫响应机制的事实相吻合。乔木和草本中AP2基因家族的表现仅次于MYB家族,特别注意的是灌木中GRAS基因家族虽然在测序数量中不占优势,但在胁迫反应中数量突出(图3)。
图3
图3
科尔沁沙地代表性植物转录因子基因的WGCNA(热图为模块与试验控制相关,网络为最高相关度的模块基因共表达网络)
Fig.3
WGCNA of transcription factor genes (The heat map shows that modules are related to experimental control, and the network is the coexpression network of module genes with the highest correlation)
2.3 差异表达基因的鉴定与GO和KEGG富集
通过DEseq2来鉴定在增温情况下的差异表达基因(DEG),|lg2(FlodChang)|>1且Padjust<0.05将被确定为上调/下调基因,然后对它们的DEGs进行GO和KEGG富集。研究发现,小叶锦鸡儿与猪毛蒿表现出对增温非常敏感的基因表达变化,并且都是下调的基因占大部分,而乔木尤其是小叶杨受增温的影响却微乎其微(图4)。
图4
图4
科尔沁沙地代表性植物差异表达基因数量与火山图
Fig.4
Number of differentially expressed genes and volcanos
图5
图5
科尔沁沙地代表性植物上调差异表达基因的GO富集术语
Fig.5
GO enrichment termsof up-regulated differentially expressed genes
图6
图6
科尔沁沙地代表性植物下调差异表达基因的GO富集术语(小叶杨未检测出下调基因故未列出)
Fig.6
GO enrichment terms of down-regulated differentially expressed genes(No down-regulated genes were detected in Populus simonii)
DEGs的KEGG富集显示,沙地榆在类黄酮生物合成通路中基因上调最显著(图7),差不嘎蒿中受增温影响的主要是DNA修复蛋白,小叶锦鸡儿有着明显下调,在转录机器通路基因表达下降,狗尾草的角质、子叶和蜡质生物合成通路受到了最显著的影响,猪毛蒿的植物-病原相互作用显著上调,光合作用蛋白显著下调。
图7
图7
科尔沁沙地代表性植物差异表达基因的KEGG富集通路
Fig.7
KEGG enrichment pathway of differentially expressed genes
2.4 光合作用通路重要基因差异
光合作用主导植物生长发育进程。本研究系统比较增温条件下供试代表性植物的光合作用基因表达情况,结果表明,在受增温影响的光合通路基因中有光系统II P680反应中心D1蛋白(PsbA)在所有植物中都表现出了表达上调,其中乔木上调较明显,草本上调幅度较小(图8)。对6种植物的PsbA的蛋白结构分析发现,差不嘎蒿和猪毛蒿的相似度最高,且类似于小叶锦鸡儿和沙地榆的,而狗尾草却表现出较独特的基序排列。值得注意的是,细胞色素b6f中apocytochrome f基因(PetA)只有在乔木中表现出表达下调,在其他植物中均呈上升趋势。PetA基因在所有供试植物中形态比较保守,基序1~9均有分布,但是沙地榆和猪毛蒿的前基序较为复杂。
图8
图8
科尔沁沙地代表性植物光合通路关键基因的表达情况,代表性植物以及拟南芥的PsbA和PetA蛋白结构对比
Fig.8
Expression of key genes in photosynthetic pathway, comparison of PsbA and PetA protein structures in six representative plants and Arabidopsis thaliana
2.5 关键植物激素信号通路
JA作为植物响应各种生物非生物因素胁迫的激素信号已被广泛研究。本研究JA信号传导中4个重要基因的表达强度情况见图9。乔木中小叶杨和沙地榆的JAR1和COI-1基因的转录本数量少,JAZ较多,且表达量更多下调,JA的信号传导通路基因下调为主,试验设定的增温处理不足以为乔木带来促进衰老的影响。蒿属植物有独特于其他植物的COI-1转录本,可能提供了更复杂的信号调控。草本植物狗尾草和猪毛蒿在整个JA信号通路基因上调表现得更加积极,其受增温影响衰老和响应的程度更高。
图9
图9
科尔沁沙地代表性植物茉莉酸信号通路关键基因在6种植物中的表达情况
Fig.9
Expression of key genes of jasmonate signaling pathway in representative plants
3 讨论
随着全球气候变化,科尔沁沙地的典型植物正在经受着气候变暖带来的长期影响,转录组测序为我们提供了探究植物适应环境过程中基因表达变化的微观视角。小叶杨、沙地榆、差不嘎蒿、小叶锦鸡儿、狗尾草、猪毛蒿都是对沙地生态恢复具有重要意义的代表性植物,通过转录组测序进一步揭示其耐高温胁迫的分子机制,并鉴定筛选出适应性较高的关键基因,以填补研究空白。
3.1 代表性沙地植物响应增温胁迫的转录因子差异
沙地代表性植物转录因子共表达网络中专性响应热胁迫的HSF因子表现不突出,这是因为HSF数量较少,另一重要原因是高温引起的干旱、高盐协同大风、沙埋等外界胁迫共同作用于沙地植物。本研究指出,无论乔木、灌木还是草本植物增温的转录因子基因共表达网络里MYB基因数量都占优且有高GS和MM,在网络中和增温后基因表达调控中有主导作用的影响,这与大多数植物响应非生物胁迫时MYB转录因子家族的优异表现相符合[34]。研究发现沙地代表性灌木重要的高温胁迫反应因子GRAS家族的众多亚家族参与了赤霉素(GA)调节植物中的各种生理过程,此外GRAS部分亚家族在JA的生物合成中也起到关键作用,比如DELLA是GA信号传导成分,VaPAT1在冷应激中调节JA生物合成[35-36]。乔木和草本中AP2/ERF蛋白家族也是因其庞大的数量与应对逆境胁迫的调控在共表达网络中出彩,除此之外还有许多TF在共表达网络中(图3)与上述基因协同工作[37]。
3.2 代表性沙地植物应对增温胁迫的基因差异
差异表达基因最根本地反映了植物逆境适应的方法以及带来的影响。本研究发现增温没有显著影响乔木尤其是小叶杨和狗尾草的基因表达,这可能是因为乔木可以依靠厚实的表皮和器官内丰富的代谢物质来缓冲环境波动的影响,相比之下,狗尾草虽然缺乏如此复杂的结构,但其广泛的适应能力使其能在多变环境中快速调整生长策略,保障其生长与繁殖[38]。相对而言,增温时,小叶锦鸡儿与猪毛蒿的基因表达均出现较大波动(图4),这种转录响应模式揭示了两种植物对温度胁迫的敏感程度及适应能力的差异,其基因表达规律不仅为解析植物温度适应机制提供了分子证据,响应模式差异还能指导沙地生态治理。差异表达基因的富集表明植物的适应策略[27]。在植物抗逆机制研究中,类黄酮代谢通路被广泛证实参与多种胁迫响应过程[28]。本研究发现沙地榆和狗尾草在胁迫条件下均表现出类黄酮代谢通路的富集,这与众多植物抗逆性研究结果一致[39],并且类黄酮一直被认为是植物的抗氧化剂,保护植物免受各种生物和非生物胁迫[40],这种保守型代谢通路的激活,为解析沙生植物抗逆机制提供了代谢层面的证据。
3.3 增温对光合通路物种特异性表达基因的影响
光合通路是植物正常生长发育的基础保障,在逆境条件下(如高温)更需要重点维护,因为高温会损伤植物的光系统II(PSII),导致其生理功能受损,进而降低植物的生产力[41]。PSII作为光合作用中的热敏脆弱环节,热应激会破坏关键组分D1蛋白(PsbA基因产物)的结构和功能[42],其功能的修复重点就体现在PsbA基因高表达及D1蛋白快速积累。已有研究表明,众多作物(如小麦)[43]的耐热型比热敏型表现出更强的PsbA基因表达能力,因此该基因的表达水平可作为沙地耐高温植株评估和选育的重要指标,PetA基因(编码细胞色素b6/f中的光合电子传递蛋白)的上调通常反映PSI(光系统I)和PSII之间电子转移的调整[44],进一步维持高温下的光合效率。本研究发现沙地代表性灌木与草本植物在增温中光合作用表现出更大的电子传递压力。PsbA和PetA蛋白在多种植物中都具有较保守的结构,但狗尾草(C4植物)的PsbA蛋白特异结构可能与其高光效及耐高温特性直接相关,其独特的基序排列可能通过加速D1蛋白的周转速率来适应复杂环境下的快速修复需求,从而维持光合系统的稳定性[45]。
3.4 增温影响对茉莉酸激素信号通路的影响
JA的信号通路主要参与植物应对生物胁迫(如微生物病原体侵染和虫害)和非生物胁迫(如干旱、盐害及温度胁迫)的响应[46],还与其他植物激素协同工作调控植物生长发育。传统研究多关注低温对JA通路的诱导作用,但现有研究报道JA信号也与热胁迫相关:当植物受到高温胁迫时,JA-lle与COI-1和JAZ蛋白结合[47],释放MYBs、WRKYs、MYCs等转录因子,激活下游耐热基因的表达网络[48]。本研究发现不同生活型沙地植物对增温的JA信号响应存在差异:蒿属植物表现出丰富的COI-1表达,意味着JA信号通路激活的转录调控网络和涉及的基因表达更为复杂,这可能赋予蒿属植物更强的环境胁迫指示性与适应能力,相比而言,乔木JAR1及下游两激活蛋白的表达都未显著升高,甚至出现负调节模式,而灌木和草本则通过正向激活JA信号通路响应增温。本研究结果表明,沙地代表性蒿属植物对增温的敏感性更高,其JA信号通路的动态变化可作为环境胁迫响应的有效指标。
4 结论
本研究揭示了代表性沙地乔灌草植物对增温的差异化响应机制:转录因子家族(MYB和AP2/ERF)在沙地代表性植物中都主导热胁迫响应,而灌木中GRAS家族的特异性参与调控,凸显了生活型特异的调控策略。基因表达模式分析表明,沙地代表性乔木倾向于通过结构适应性维持表达稳态,灌木和草本则通过激活DNA修复、类黄酮合成等代谢通路重塑来应对高温,其中小叶锦鸡儿和猪毛蒿的高敏感性使其成为沙地生态变化的理想指示物种。PsbA基因的保守上调证实光系统II修复是跨物种的热适应核心策略,而狗尾草特有的PsbA基序排列可能赋予其高效的光合稳定性。茉莉酸信号通路的激活强度与生活型密切相关,即沙地代表性蒿属植物通过COI-1的多样化表达构建了复杂的胁迫响应网络,进一步解释了其对温度变化的高敏感性。
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